袁世凯盛邀首领们
道进餐。餐桌上，首领再次吹嘘自己
法术。袁世凯提议让义和团当场演示法力。盛情之下，那些义和团首领也不好意思拒绝。于是袁世凯让那些说大话义和团首领站成列，又叫来军中最好神枪手——结果可想而知，那些吹牛义和团首领哪里挡得住枪子穿透力呢！这种不动声色快刀斩乱麻方式，是典型袁世凯风格。很快，在全省范围内，袁世凯命令广贴告示，宣布义和团为非法组织，严禁设坛习拳，“倘再目无法纪，恃众抗官，大军临，玉石俱碎”。
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任山东巡抚时袁世凯
袁世凯任山东巡抚时，也遭遇到诸多“教案事件”。因为吸取
各方面经验和教训，袁世凯处理显得干练多——有次，山东平阴县教堂英国牧师在由泰安府回平阴县途中，突然失踪。消息传至袁世凯这里，袁世凯方面急报总理衙门，照会英国驻华使节，表示会尽快妥善处理好此案；方面调集有关人员，悬赏通缉案犯。很快，案犯被抓获，这是桩抢劫行凶案。袁世凯很快在济南公开审理此案，并特意邀请英国驻上海总领事旁听。由于证据确凿，审理公开，判决公正，英方没有表示不同意见，也没有提出过分要求。轰动时肥城教案，就这样顺利终结，结案之快，赔偿之少，都是历次教案中少有。
在外事矛盾与纠纷中，袁世凯也不算味地倾向洋人。1900年1月至3月，高密县数百民众聚集，武力抗拒德国人建设胶济铁路从境内通过。德国人调集海军陆战队三百多人进驻，扬言要以武力护路。双方各不相让，战事眼看触即发。在这种情况下，袁世凯火速调集大批军队进入现场维持秩序。经过调查，袁世凯认为当地民众虽然愚昧无知，但事件主要原因是德国人对于征用田地赔偿不够。于是，袁世凯亲自拟定有关条件，与德国人进行谈判。由于袁世凯据理力争，德方作让步。在此基础上，袁世凯还对德国人筑路用地、路矿公司设局、雇工、火车运载货物、征收厘税等事项，作明文规定，定程度上维护当地群众利益和国家主权，袁世凯在山东威望也因此大增。
当然，由于袁世凯在山东对义和团大肆围剿，也引起清廷些人不满。为杀鸡儆猴，朝廷帮人找个理由，将同时在山东做官袁世凯胞兄袁世敦革职回籍。压力之下，袁世凯仍冒着风险，上封《遵旨筹议官练私团事不可行据实复陈折》，再次阐述自己对义和团认识，提醒朝廷不要受骗上当。袁世凯声称：经过调查，义和团实际上就是离卦教中所称义和门，与当年抗清白莲教
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