、于、乐三将闹不团结，曹操派司空主簿赵俨前去做工作，消除
摩擦，统
步调。
为消除来自侧翼
威胁，曹操派张既前往关中做马腾工作，让马腾离开其部众到朝中任职。张既费番周折，终于将马腾请到朝中。曹操上表献帝，封马腾为卫尉，封其子马超为偏将军，让马超留在关中，统领马腾部众。同时，将马腾家属统统迁到邺城。这样来，马腾便落在曹操控制之中。曹操还想将马超也召到朝中来，但未能达到目。
为加强对朝廷控制，曹操还在南征前做两件重要工作。是在建安十三年六月上表献帝，罢除三公之官，重新设置丞相、御史大夫，自己做丞相，总揽朝政，将朝廷实权完全掌握在自己手中；二是杀老和自己作对孔融，以稳定内部，消除后患。
孔融其人，在政治上是忠于东汉王朝。兴平元年（194）任北海相时，曾打算将献帝从长安迎回洛阳。兴平二年（195），其时袁绍、曹操势力正盛，而孔融还无所依附。有个叫左承祖人前去见孔融，希望他能依附袁、曹。孔融料定袁、曹终图汉室，不想同他们搅在起，因此不仅没有答应左承祖要求，还怒之下将左承祖杀死。第二年（即建安元年），孔融却又前往许都投附曹操。这并非孔融改变初衷，而是其势不得不如此。来因他刚被袁谭打败，妻子孩子都当俘虏，时难以自立；二来因曹操挟天子以令诸侯，通过献帝任命他为将作大匠，他应命前往，为顺理成章事情；三来当时他可能对曹操抱有幻想，以为可以借助曹操力量达到安定汉家天下目。因此，孔融到许都后，与曹操曾有个关系密切时期，并写下些称美曹操文字，如在《论盛孝章书》中说：“惟公匡复汉室，宗社将绝，又能正之。”在《六言诗》中说：“郭、李分争为非，迁都长安思归。瞻望关东可哀，梦想曹公归来。”又说：“从洛到许巍巍，曹公辅国无私。减去厨膳甘肥，群僚率从祁祁。”这时期，两人也曾发生过冲突。如建安二年（197）袁术称帝时，曹操决定杀掉袁术姻亲杨彪，孔融闻讯后，来不及穿上朝服就跑去见曹操，要求赦免杨彪，并说如果杀掉杨彪，“孔融鲁国男子，明天就走，不再上朝”，态度十分强硬。但曹操采纳孔融意见，当即放出杨彪，冲突很快得到化解。
随着曹操实力增强，谋汉意图逐渐显露，孔融对曹操态度也跟着发生变化。约在建安九年（204）后，两人关系逐渐恶化。孔融多次采用讽刺挖苦甚至故意捣乱方式，来发泄他对曹操不满。
建安九年八月，
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