之后由于标记物的更改，变成了“18-30”（后续若无说明，则一直采用新标记物下的数值）。可一九九七年辩护团悄悄委托押田茂实教授实施再鉴定时，押田教授得出的菅家DNA型是“18-29”。
此次，本田教授以MCT118法得出的鉴定结果也是“18-29”。
这么看来，科警研的逻辑是说不通的。菅家与凶手在MCT118法下的DNA型根本不一致。
更令人震惊的是，根据本田教授的鉴定，从衬衣上验出的凶手DNA型是“18-24”。那么科警研当时鉴定出的“18-30”型去哪儿了？
得知鉴定结果的佐藤博史律师在记者见面会上大发雷霆：“之前科警研在论文中将26型改为30型。可这次鉴定结果显示凶手的DNA型是24。这是鉴定技术上的重大失误，他们的鉴定简直是胡闹！”
本田教授也做了说明：“鉴定刚开始，菅家与凶手的DNA条带就错开了，我看了不禁后背一凉。科警研居然会犯这种错。我重复鉴定了四百多回，结果都是一样的。”
本田教授不仅在鉴定书中写了STR法鉴定结果，还写上了MCT118法的鉴定结果。
这份鉴定书一递交，科警研便开始在意见书中猛烈抨击。我之前说的“蹊跷的动向”指的就是这个。
此前，本田教授曾多次接受警方和检方的委托实施DNA型鉴定，作为证据递交法院。但这次科警研不仅不承认凶手和菅家DNA型不一致，还否定了本田教授的鉴定：
在样本获取、DNA提取、PCR增幅及型号分析等检测技术的质量管理，以及检测结果的解释上，本田的DNA型鉴定技术是不过关的，这些鉴定书在检测技术与理论构成两方面都不足为信。因此，（中略）不应被采纳。
这份意见书措辞异常激烈，继续攻击：
即便鉴定过程无可挑剔，检验出的DNA型也可能并非来自精子。
我们可明确指出，其间混入了女性的24型。由此可见，鉴定书将MCT118法检测出的“18-24”型定为男性的DNA型是错误的。
科警研说本田教授从衬衣上检测出的“18-24”型并非来自凶手，而来自一名女性。按照他们的逻辑，“18-24”型可能是被害人小真实或其母亲松田女士的DNA型。
有了科警研的分析，检方认为“本田鉴定在方法上存在疑点，整体缺乏可信度，因此，根据《日本刑事诉讼法》第四百三十五条第六项规定，此鉴定不可作为无罪证据”，并将一份共计十二页的意见书递交法院。
曾被多次委托实施DNA型鉴定的本田教授居然被检方认为“整体缺乏可信度”，真是荒唐。
