名为敦煌文物研究所，提出
“保护、研究、弘扬”
工作方针，还组织国内文物、考古和古建方面著名专家，对莫高窟做全面综合勘察，制定保护和研究方案，明确敦煌西千佛洞和安西榆林窟也由敦煌文物研究所负责管理。1961年，敦煌莫高窟、西千佛洞和安西榆林窟被国务院批准公布为第
批全国重点文物保护单位。
这个时期敦煌文物研究所生活仍然非常艰苦，工作条件也十分简陋，但清苦生活和简陋工作条件并没有动摇大家坚守保护职责、潜心壁画研究和临摹工作热情和决心。“文化大g,m”期间，虽业务工作度停顿，但全所职工对保护敦煌艺术宝藏认识完全致，因此在这期间，敦煌石窟文物没有受到丝毫破坏。
这个时期最迫切要解决是壁画和彩塑病害频发、崖体存在风化和坍塌潜在危险，以及风沙侵蚀等问题。针对这些问题，在中央直接关心和支持下，研究所实施大规模抢救性保护工作，如扶正加固倾倒塑像，采用铆钉固定、边缘加固抹泥和局部灌浆等方法加固濒将脱落空鼓壁画；针对起甲、酥碱病害壁画，与国外专家道试验采用新修复材料和工艺方法进行修复。特别是60年代初，在周恩来总理关心下，国家拨巨款，以“支”“顶”“挡”“刷”技术，对裂隙纵横莫高窟南区危崖和洞窟实施大规模全面崖体加固工程，使濒临坍塌洞窟脱离险境。为防止风沙对壁画和塑像磨蚀，还在崖顶做设置挡沙栅栏试验。
这个时期也是敦煌艺术临摹工作黄金时期。在此时期完成敦煌壁画和彩塑临本数量多、质量高、内容丰富，首创整窟临摹，同时积累行之有效临摹经验，总结归纳出三种临摹方法，对日后临摹工作具有重要指导意义。此外，还在北京、上海等大城市，以及波兰、捷克、印度、日本等国举办敦煌艺术展览，扩大敦煌艺术文化影响力。
这个时期敦煌学研究主要是开展藏经洞文献整理研究，以及撰写敦煌石窟考古报告等系列基础研究。藏经洞文献虽然分散在世界各地，但研究所还是收藏些藏经洞敦煌文献，学者对这批文献开展整体性梳理和研究。配合莫高窟南区危崖加固工程，对莫高窟南区窟前遗址开展大规模考古发掘清理，完成《莫高窟窟前殿堂遗址》考古报告；协助武威天梯山石窟搬迁保护，完成《天梯山石窟》考古报告。经过不断调查研究，掌握敦煌石窟壁画图像、彩塑基本内容，出版《莫高窟内容总录》和《莫高窟供养人题记》等重要学术成果，成为后来研究敦煌石
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