中万潜等人立即赶到东郡，把曹操迎到兖州，做
兖州牧。
这时黄巾军正继续向寿张方向推进，曹操于是与鲍信联军，在寿张东面进行堵截。黄巾军骁勇善战，但有恃胜而骄
毛病，曹操抓住这
弱点，打算奇兵取胜。他带上步骑千余人，同鲍信起先去巡视阵地，观察地形。骑兵速度快，走在前面，后面步兵没能及时跟上。不料突然遇上黄巾，双方展开激战，曹操猝不及防，被打得大败，几百人战死，自己靠鲍信拼死保护，才勉强逃出重围，而鲍信则被黄巾军杀死，死后连尸体也没有找到。曹操对鲍信死非常伤心，悬赏寻找他尸体，没有达到目，最后只得让人用木头刻鲍信形象，亲往哭祭番才算完事。
黄巾军获胜后，乘势向曹军压过来。当时曹操老兵不多，新兵缺乏训练，刚刚打败仗，全军上下弥漫着极度恐慌情绪。曹操为稳定军心，亲自穿上铠甲，戴上头盔，四出巡视，抚慰将士，并明确奖惩条例，士气才又重新振作起来。接着，曹操找到有利战机，向黄巾军发起猛攻，黄巾军不能抵御，渐渐后撤。黄巾军想要争取曹操，给曹操写信说：“你过去在济南时，曾经毁坏神坛，其精神和
们黄巾军信奉中黄太乙道理是相通。你似乎是个懂得中黄太乙之道人，但现在反而迷惑。汉朝气数已尽，黄家当立。新天下就要出现，不是你才力能够加以阻止。你还是赶快撤军吧！”
但曹操代表是地主阶级利益，不可能放弃对于农民起义军镇压，看到这封信后，不仅不为心动，相反大骂黄巾，要黄巾军赶快投降。黄巾军不予理会，曹操于是设下奇伏，昼夜接战，黄巾军抵御无方，损失惨重，不得不向济北方向撤退。曹操乘胜追到济北，黄巾军被逼投降。这年冬，曹操共接受黄巾降军三十余万人，同时得到跟随黄巾军起行动男女百余万口。曹操从中挑选部分精锐组成支战斗力很强队伍，号为“青州兵”。
这期间，在长安东汉朝廷由于兖州刺史刘岱战死，就任命个叫金尚前来继任兖州刺史。曹操得到消息，预先派兵到兖州边界迎击，金尚无法入境，只得跑到南阳投奔袁术。
曹操采用武装镇压和诱降相结合手段对付黄巾，用心也不可谓不阴狠。但比起皇甫嵩味对黄巾军进行大量屠杀行径来，曹操所采用受降改编办法毕竟还是带有些人道色彩。
这是曹操带兵以来所打第二个大仗。在这战中，曹操临危不乱，善于鼓动士气，善于抓住敌方弱点出奇制胜，显示卓越军事指挥才能，说明他在战争海洋中游泳，显得越来越得心应手。
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